桥本氏病是一种自身免疫性疾病，目前其确切病因尚未完全明确，但研究发现可能与遗传因素、自身免疫因素以及环境因素等有关。据统计，有家族遗传史的人群患桥本氏病的风险相对较高。
遗传因素方面
基因易感性： 研究表明，桥本氏病具有一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有桥本氏病，那么其他家庭成员患该病的概率会比普通人群高。例如，在同卵双胞胎中，如果一方患有桥本氏病，另一方患病的概率可达30% - 60%。特定基因关联： 一些特定的基因与桥本氏病的发病相关，比如人类白细胞抗原（HLA）基因区域的某些等位基因，会增加机体发生自身免疫反应攻击甲状腺的风险。
自身免疫因素方面
免疫系统异常攻击： 人体的免疫系统本应保护身体免受外来病原体侵害，但在桥本氏病患者体内，免疫系统出现紊乱，错误地将甲状腺组织当作外来异物进行攻击。甲状腺中的甲状腺球蛋白、甲状腺过氧化物酶等被自身抗体攻击，导致甲状腺组织受损，影响甲状腺的正常功能。自身抗体产生： 患者体内会产生抗甲状腺球蛋白抗体（TGAb）、抗甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）等自身抗体，这些抗体水平的升高是诊断桥本氏病的重要依据。一般来说，血液中TGAb和TPOAb浓度明显升高时，提示可能患有桥本氏病。
环境因素方面
感染因素： 某些病毒感染可能与桥本氏病的发病有关。比如柯萨奇病毒、EB病毒等感染后，可能会触发机体的自身免疫反应，进而影响甲状腺。有研究发现，在桥本氏病患者的甲状腺组织中有时能检测到相关病毒的痕迹。碘摄入因素： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入异常可能影响甲状腺功能。过量摄入碘可能会加重自身免疫性甲状腺炎的进程，增加桥本氏病的发病风险。尤其是对于有遗传易感性的人群，高碘饮食可能成为诱发因素之一。