巩膜炎的病因较为复杂，可能由多种因素引起。比如，约1/3的巩膜炎患者会伴发全身结缔组织病，像类风湿关节炎，据统计，在类风湿关节炎患者中，巩膜炎的发生率约为0.5% - 2%。
自身免疫性因素相关
免疫复合物沉积： 当体内形成的免疫复合物沉积在巩膜组织中时，会引发免疫反应，导致巩膜炎。例如，系统性红斑狼疮患者，其体内的自身抗体与相应抗原形成免疫复合物，有可能沉积到巩膜，从而诱发巩膜炎。自身抗体攻击： 自身免疫系统错误地将巩膜组织当作外来异物进行攻击。像韦格纳肉芽肿病患者，体内产生的自身抗体可对巩膜组织发起攻击，引发炎症反应。
感染因素相关
细菌感染： 某些细菌感染可能累及巩膜引发炎症。比如肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等细菌感染，当它们侵袭巩膜时，会引起局部的炎症反应，导致巩膜炎。例如，眼部受到肺炎链球菌感染后，可能逐步引发巩膜的炎症病变。病毒感染： 一些病毒也可成为诱因。单纯疱疹病毒感染就可能与巩膜炎的发生有关，当人体感染单纯疱疹病毒后，病毒有可能侵犯巩膜组织，进而引发巩膜炎。
局部邻近组织炎症蔓延
结膜炎症蔓延： 结膜与巩膜相邻，若结膜发生炎症且未得到有效控制，炎症可能蔓延至巩膜。例如，严重的细菌性结膜炎，如果没有及时治疗，炎症可能扩散到巩膜，引发巩膜炎。角膜炎症蔓延： 角膜炎症也有可能波及巩膜。当角膜炎病情较重时，炎症可向周围组织蔓延，包括巩膜，从而导致巩膜炎的发生。比如真菌性角膜炎，炎症可能逐渐累及巩膜，引起巩膜的炎症反应。