附件囊肿的形成原因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，附件囊肿的形成涉及内分泌因素、炎症刺激以及排卵等过程的异常等。
内分泌因素影响
激素失衡导致： 女性体内的雌激素和孕激素等激素水平失衡可能促使附件囊肿形成。例如，在一些情况下，雌激素分泌相对过多，会影响卵巢的正常生理功能，使得卵巢组织出现异常增生等情况，进而形成囊肿。女性在月经周期不同阶段激素水平有变化，若激素调节紊乱，就容易为附件囊肿的形成埋下隐患。促性腺激素异常： 垂体分泌的促性腺激素如果出现异常，也可能与附件囊肿的形成有关。促性腺激素对卵巢的排卵和内分泌功能有调节作用，当促性腺激素分泌失调时，会干扰卵巢的正常排卵等过程，使得卵泡等组织不能正常发育和消退，从而逐渐形成囊肿。比如多囊卵巢综合征患者，其体内促性腺激素水平往往存在异常，这也是这类患者容易出现附件囊肿的一个重要内分泌方面的因素。
炎症刺激引发
盆腔炎症累及： 盆腔的炎症如果长期存在，比如盆腔炎没有得到及时有效的治疗，炎症可能会蔓延波及到附件区域，像卵巢、输卵管等部位。炎症的刺激会导致局部组织发生炎性反应，组织细胞可能会出现增生、渗出等情况，久而久之就可能形成囊肿。例如，女性患有慢性盆腔炎时，炎症持续刺激附件，就有可能引发附件囊肿。输卵管炎症影响： 输卵管的炎症也和附件囊肿形成有联系。输卵管发生炎症后，管腔可能会出现粘连、堵塞等情况，使得分泌物积聚在输卵管内，形成输卵管积水，而输卵管积水也可能蔓延影响到卵巢等附件组织，进而促使附件囊肿的形成。比如一些输卵管炎反复发作的女性，就比较容易出现附件囊肿相关问题。
排卵相关异常
排卵后滤泡未消退： 正常情况下，女性排卵后卵泡会逐渐消退。但如果卵泡排卵后没有正常消退，反而继续生长，就可能形成卵泡囊肿。一般来说，这种情况可能和卵泡发育过程中的一些异常调节有关，使得卵泡不能按照正常的生理过程消退，持续增大形成囊肿。黄体囊肿形成： 在排卵后形成黄体的过程中，如果黄体持续存在并且不断增大，就会形成黄体囊肿。黄体囊肿的形成与黄体期的激素变化以及黄体自身的发育情况有关。例如，黄体期时激素水平的波动等因素可能影响黄体的正常退化，导致黄体持续增大形成囊肿。而且有的黄体囊肿可能会在一段时间后自行消退，但也有部分可能会持续存在甚至增大。