肛周脓肿并非都要手术，不过大部分情况需要手术。一般来说，约80% - 90%的肛周脓肿患者需要通过手术来治疗。
脓肿较小且未化脓时
局部保守治疗尝试： 当肛周脓肿比较小，还没有明显化脓迹象时，可以先尝试局部保守治疗。比如局部用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天2 - 3次，每次15 - 20分钟，通过坐浴可以起到清洁、消炎的作用，有可能让脓肿自行吸收消退。但这种情况比较少见，多数肛周脓肿还是会进展。
脓肿较大或已化脓时
手术是主要治疗手段： 当肛周脓肿较大，或者已经明显化脓了，这时候手术就是主要的治疗方式。手术的目的是切开脓肿，排出脓液，防止感染进一步扩散。常见的手术方式有肛周脓肿切开引流术，如果是高位肛周脓肿，可能还需要后续进行挂线疗法等进一步处理。比如对于一些深部的肛周脓肿，挂线疗法可以缓慢切割括约肌，避免一次性切断括约肌导致肛门失禁。
合并其他情况时
糖尿病患者需谨慎手术： 如果肛周脓肿患者合并有糖尿病，手术时要更加谨慎。因为糖尿病患者身体抵抗力相对较差，术后感染的风险可能会增加。需要严格控制血糖，在血糖控制相对稳定的情况下再考虑手术，并且术后要密切观察伤口情况，加强抗感染等治疗。免疫力低下人群手术需评估： 对于免疫力低下的人群，比如长期服用免疫抑制剂的患者出现肛周脓肿，手术前需要全面评估身体状况。手术中要注意严格无菌操作，术后要加强营养支持等，促进伤口愈合，防止出现术后感染等并发症加重病情。