甲状腺囊肿的形成通常与多种因素相关。一般来说，碘摄入异常是常见原因之一，比如碘缺乏或碘过量都可能引发甲状腺囊肿，有研究显示约15% - 20%的甲状腺囊肿与碘代谢紊乱有关。
一、自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎影响：自身免疫性甲状腺炎患者，免疫系统会错误攻击甲状腺组织，导致甲状腺滤泡结构异常，进而可能形成囊肿。这类患者体内会存在针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体等，这些抗体的存在会持续破坏甲状腺细胞，使得甲状腺组织修复过程中可能出现囊性变。遗传易感性：某些遗传因素会增加患甲状腺囊肿的风险。如果家族中有甲状腺疾病患者，那么其他家庭成员患甲状腺囊肿的概率相对会高于普通人群。研究发现，特定的基因变异与甲状腺囊肿的发生有一定关联，不过具体的遗传机制还在进一步探索中，但可以明确遗传因素在其中起到了一定作用。
二、内分泌紊乱
激素水平变化影响：甲状腺本身受垂体分泌的促甲状腺激素（TSH）调节。当TSH分泌异常时，比如TSH长期过高，会刺激甲状腺滤泡上皮细胞增生，导致滤泡内液体潴留形成囊肿。女性在生理期、孕期或更年期等激素波动较大的时期，更容易出现甲状腺激素水平的波动，从而增加甲状腺囊肿的发生几率。例如，孕期女性由于体内激素环境改变，约有2% - 3%的人可能出现甲状腺囊肿相关情况。垂体病变影响：垂体发生病变时，会影响促甲状腺激素的正常分泌。垂体肿瘤等病变可能导致TSH分泌过多或过少，进而影响甲状腺的正常功能和结构，引发甲状腺囊肿。如果垂体长了肿瘤，压迫周围组织影响激素分泌，就可能打破甲状腺激素分泌的平衡，使得甲状腺出现囊性改变。
三、其他因素
环境因素：长期暴露在某些环境污染物中也可能与甲状腺囊肿的形成有关。比如长期接触放射性物质，会对甲状腺细胞造成损伤，影响甲状腺的正常代谢和结构，增加囊肿形成的风险。另外，长期处于污染的空气、水源等环境中，其中的有害物质可能通过各种途径影响甲状腺功能，虽然具体机制尚不十分清晰，但已有研究提示环境因素是甲状腺囊肿的诱因之一。既往甲状腺疾病史：曾经患过甲状腺结节等甲状腺疾病的人，后续发展为甲状腺囊肿的可能性相对较高。甲状腺结节在生长过程中，可能出现囊性变，从而形成甲状腺囊肿。例如，有甲状腺结节病史的患者中，约10% - 15%会逐渐发展为甲状腺囊肿。而且如果甲状腺结节没有得到及时有效的治疗，病情持续发展，囊性变的概率会进一步增加。