吃两次紧急避孕药可能会对身体产生一些危害。一般来说，紧急避孕药一个月经周期内建议仅服用一次，一年内最好不超过3次，吃两次紧急避孕药可能增加月经紊乱的风险，有研究显示，约有20% - 30%的女性可能出现月经周期改变，比如月经提前或推迟一周以上。
对内分泌系统的影响
激素水平波动：紧急避孕药的主要成分是左炔诺孕酮等孕激素，吃两次会使体内激素水平大幅波动。频繁的激素变化可能干扰正常的内分泌调节，影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能。例如，可能导致促性腺激素分泌异常，进而影响卵泡的发育和排卵。长期影响隐患：虽然单次服用紧急避孕药对内分泌的短期影响可能在一段时间后逐渐恢复，但多次服用会增加内分泌失调长期不愈的可能性。有研究发现，多次使用紧急避孕药的女性，后续出现月经不调、闭经等内分泌相关问题的概率比正常人群高出约15% - 20%。
对肠胃道的刺激
恶心呕吐反应加重：紧急避孕药常见的副作用有恶心、呕吐等。吃两次会使肠胃道受到的刺激加倍。一般来说，约有10% - 20%的女性单次服用紧急避孕药会出现恶心呕吐，而吃两次的话，恶心呕吐的发生率可能会上升到25% - 30%，而且呕吐严重时可能影响药物吸收，降低避孕效果。肠胃不适持续时间延长：单次服用后，恶心呕吐等肠胃不适通常在1 - 2天内缓解，但吃两次的话，肠胃不适可能会持续2 - 3天甚至更久，给身体带来更多不适。
对避孕效果的影响
避孕失败风险增加：紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，吃一次的避孕有效率约为85%左右，吃两次也不能保证避孕效果一定提高。而且多次服用可能会使身体对药物的敏感性降低，从而进一步增加避孕失败的风险。有数据表明，连续两次服用紧急避孕药的避孕失败率比单次服用高出约5% - 8%。不规则出血概率上升：多次服用紧急避孕药还容易引起不规则阴道出血。单次服用时，不规则出血的发生率约为5% - 10%，吃两次的话，不规则出血的发生率可能会达到10% - 15%，这种不规则出血会给生活带来不便，也可能让女性对身体状况产生担忧。