新生婴儿黄疸主要是因为新生儿体内胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，胆红素产生相对过多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，一般生后2-3天出现，4-5天达高峰。
生理性黄疸的原因
胆红素生成过多： 胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞数量较多，出生后氧分压升高，大量红细胞被破坏，胆红素产生增加。新生儿红细胞寿命相对较短，约70-90天，而成人红细胞寿命是120天，所以胆红素产生比成人多。肝脏处理胆红素能力不足： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，生后1周才达到成人水平。肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性不足，含量也低，且活性受多种因素影响，如缺氧、感染等，导致胆红素结合能力差。同时，新生儿肝细胞排泄胆红素的功能也不完善，容易出现胆汁淤积。
病理性黄疸的原因
感染因素： 新生儿肝炎多由病毒引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等，病毒可损害肝细胞，影响其对胆红素的代谢功能。新生儿败血症时，细菌及其毒素可抑制肝细胞UDPGT的活性，还可造成肝细胞损伤，使胆红素代谢紊乱。溶血因素： 母婴血型不合是常见原因，如ABO血型不合或Rh血型不合。ABO血型不合中，母亲多为O型，胎儿为A型或B型，母亲体内的抗A或抗B抗体通过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿红细胞破坏，胆红素生成过多。Rh血型不合时，母亲为Rh阴性，胎儿为Rh阳性，首次妊娠时，抗体产生较少，一般不会发病，再次妊娠时，胎儿红细胞再次受到抗体攻击，导致溶血发生，胆红素水平迅速升高。胆道闭锁： 这是新生儿病理性黄疸的重要原因之一，多为肝内外胆管的部分或完全闭锁，导致胆汁排泄障碍，胆红素反流入血，引起黄疸。胆道闭锁的具体病因尚不明确，可能与胚胎发育异常、宫内感染等有关，患儿出生后2周左右黄疸逐渐加重，大便颜色逐渐变浅，呈白陶土色。