新生儿黄疸是新生儿期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸。造成新生儿黄疸的原因主要有以下几类：
胆红素生成过多
红细胞破坏过多： 胎儿在宫内处于相对低氧环境，红细胞数量较多，出生后氧分压升高，过多的红细胞被破坏，从而产生较多胆红素。比如正常胎儿红细胞寿命较短，约70天，而成人红细胞寿命为120天，新生儿红细胞破坏快，胆红素生成多。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能使血红素转变为胆红素，使得胆红素生成增加。
肝脏胆红素代谢障碍
摄取胆红素能力不足： 新生儿肝脏细胞内Y、Z蛋白含量低，出生后1周才达到成人水平，所以摄取胆红素的能力有限，导致胆红素在体内堆积。结合胆红素能力差： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）活性不足，约在出生后1周左右才逐渐增加，该酶能将未结合胆红素转化为结合胆红素，其活性低就会影响胆红素的结合过程，使得结合胆红素生成减少。排泄胆红素功能缺陷： 新生儿肝脏排泄胆红素的功能也不完善，容易出现胆汁排泄障碍，导致结合胆红素排出受阻，进而引发黄疸。
肠肝循环增加
新生儿出生时肠道内正常菌群尚未建立，肠道内的β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入肝脏，使得肠肝循环增加，从而加重黄疸。例如正常情况下肠道菌群可抑制β - 葡萄糖醛酸苷酶活性，但新生儿肠道菌群少，该酶活性相对高。