肺动脉栓塞最好的治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，药物治疗是重要手段之一。例如，抗凝治疗是常用方法，像普通肝素需密切监测凝血功能，低分子肝素相对更方便，无需频繁监测，通常一天打1 - 2次。
药物治疗关键
抗凝药物选择： 除了低分子肝素，还有华法林，不过华法林起效慢，开始用的时候需要和肝素重叠使用，而且要定期监测国际标准化比值（INR），使其维持在2 - 3之间。溶栓药物应用： 对于大面积肺动脉栓塞患者，可考虑溶栓治疗，常用的有尿激酶、重组组织型纤溶酶原激活剂（rt - PA）等。尿激酶一般剂量为4400IU/kg，静脉注射10分钟，之后以4400IU/(kg·h)持续静脉滴注12小时；rt - PA通常按50 - 100mg持续静脉滴注2小时。
手术治疗情况
肺动脉血栓摘除术： 这是一种较为激进的治疗方法，适用于经积极的内科治疗无效的紧急情况，比如患者出现休克等严重表现。但这种手术风险较高，需要患者符合严格的手术指征，并且医院具备相应的手术条件和技术水平。导管碎栓和抽吸血栓： 对于一些情况相对不太紧急的患者，可以采用导管碎栓和抽吸血栓的方法。通过导管将血栓破碎并抽吸出来，改善肺动脉的血流情况。这种方法创伤相对较小，但也需要在具备相应介入设备和技术的医院开展。
基础治疗与监测
一般支持治疗： 患者需要绝对卧床休息，避免用力，减少肺栓塞复发的风险。同时要密切监测生命体征，如呼吸、心率、血压等。对于有低氧血症的患者，需要给予吸氧，维持血氧饱和度在90%以上。病情监测与随访： 患者在治疗过程中需要定期进行影像学检查，如肺动脉CT造影等，评估栓塞的改善情况。而且抗凝治疗需要长期随访，根据患者的情况调整抗凝药物的剂量，同时要注意观察有无出血等不良反应。