打完疫苗晚上发烧39度，可采取以下方法处理：
1.物理降温：用湿毛巾擦拭手心、腋窝、腹股沟等部位，或使用退热贴。
2.多喝水：补充水分，防止脱水。
3.观察病情：注意观察体温变化、有无其他不适症状，如持续高热或出现其他异常，应及时就医。
4.药物治疗：如果体温超过38.5℃，可在医生指导下使用退烧药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。但需注意，使用退烧药应遵循药品说明书的剂量和使用方法，避免过量使用。
5.就医诊治：如果体温持续升高或出现其他严重症状，如头痛、咳嗽、呼吸困难等，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。
需要注意的是，打完疫苗后发烧是一种常见的不良反应，但通常会在1-2天内自行缓解。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。同时，在接种疫苗后，应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。