打完疫苗晚上发烧39°C，可能是疫苗的不良反应，也可能是其他原因引起的。以下是一些可能的原因：
1.疫苗的不良反应：疫苗作为一种外来的蛋白质，进入人体后可能会引起免疫反应，导致发热。这种发热通常在接种后数小时至数天内出现，体温多在38.5°C以下，一般持续1~2天，不需要特殊处理，可自行缓解。但如果体温超过38.5°C，或伴有其他不适症状，如头痛、乏力、恶心、呕吐等，应及时就医。
2.感染：接种疫苗后，人体的免疫力暂时下降，容易感染其他病原体，如细菌、病毒等，从而引起发热。这种发热通常在接种后数天至数周内出现，伴有其他感染症状，如咳嗽、流涕、咽痛等。应及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。
3.其他原因：接种疫苗后，还可能出现一些其他不良反应，如过敏反应、神经系统反应等，也可能导致发热。但这些不良反应相对较少见，如果出现严重不适，应立即就医。
总之，打完疫苗后发烧39°C，应密切观察体温变化，多喝水，注意休息。如果体温持续不降或伴有其他不适症状，应及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。同时，应告知医生接种疫苗的情况，以便医生进行准确的诊断和治疗。