打完疫苗后晚上发烧到39度，可能是以下原因引起：
1.疫苗不良反应：疫苗作为一种外来抗原，进入人体后可能会引起免疫反应，导致发热。这种发热通常是暂时的，会在1-2天内自行缓解。如果体温超过38.5℃，可以服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。同时，要注意多喝水，以补充因发热导致的水分流失。
2.感染：接种疫苗后，人体的免疫力可能会暂时下降，此时容易感染其他病原体，如细菌、病毒或支原体等，从而引起发烧。此外，还可能伴有其他症状，如咳嗽、流涕、咽痛等。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，进行相关检查，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。
3.其他因素：接种疫苗后的晚上，可能由于环境因素、个人身体状况等原因，导致感冒、上呼吸道感染等疾病的发生，从而引起发烧。
需要注意的是，每个人的体质不同，对疫苗的反应也可能不同。如果打完疫苗后出现发烧等不适症状，建议及时就医，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意休息，多喝水，避免劳累和剧烈运动。如果体温持续升高或出现其他严重症状，应及时就医，并告知医生接种疫苗的情况，以便医生进行准确的诊断和治疗。