肠道菌群失调的表现多样，比如约有30% - 40%的肠道菌群失调患者会出现消化不良的情况，表现为腹胀、早饱、嗳气等。
消化系统方面的表现
腹胀： 肠道菌群失调时，有益菌减少，有害菌等异常增多，会影响肠道正常的消化和蠕动功能，导致食物在肠道内发酵产生过多气体，从而引起腹胀，这种情况在进食后往往会加重。腹泻或便秘： 一部分肠道菌群失调患者会出现腹泻症状，每天排便次数增多，粪便稀薄。而另一部分可能表现为便秘，排便困难，粪便干结。比如有些患者可能连续几天都无法正常排便，粪便像羊屎蛋一样。
全身症状表现
免疫力下降： 肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道的免疫功能，使得人体更容易受到病原体的侵袭，表现为经常感冒、生病，且恢复时间可能比正常情况更长。据研究，肠道菌群失调人群患呼吸道感染的频率比肠道菌群正常人群高出2 - 3倍。精神神经系统症状： 肠道和大脑之间存在肠 - 脑轴，肠道菌群失调可能会影响神经递质的合成和传递，从而出现精神神经系统方面的症状，如焦虑、抑郁、睡眠障碍等。有调查发现，约50%的肠道菌群失调患者存在不同程度的睡眠问题，表现为入睡困难、多梦等。
营养吸收方面的表现
维生素缺乏： 肠道菌群可以合成一些维生素，如维生素K、B族维生素等。肠道菌群失调会影响这些维生素的合成，导致人体出现维生素缺乏的表现，比如皮肤粗糙、口角炎、贫血等。长期肠道菌群失调可能使人体对维生素B12的吸收也受到影响，进而引发巨幼细胞性贫血。体重变化： 肠道菌群参与食物的消化和营养吸收过程，菌群失调可能影响营养物质的吸收效率，从而导致体重异常。有些患者会出现体重下降，而也有部分患者可能因为肠道功能紊乱，出现体重增加的情况，但这种情况相对较少见。