肠道菌群失调的症状表现多样，比如约30% - 50%的患者会出现消化道症状。
消化道症状表现
腹泻： 这是比较常见的症状之一，每天排便次数可能增多，可达3 - 10次不等，粪便多为稀水样，可能伴有未消化的食物残渣。便秘： 与腹泻相反，部分肠道菌群失调的人会出现排便困难，大便干结，几天才排便一次。
全身症状表现
疲劳乏力： 肠道菌群失调可能影响营养吸收，长期如此会使人感到浑身没劲儿，精神状态不佳，这种疲劳感持续时间可能较长，一般不会因短暂休息就明显缓解。免疫力下降： 肠道是人体重要的免疫器官，菌群失调会导致免疫力降低，更容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，比如容易频繁感冒，感冒后恢复时间也可能比常人长。
其他相关症状表现
情绪异常： 有研究发现，肠道菌群与大脑神经递质的合成等有关，菌群失调可能引发情绪方面的变化，如出现焦虑、抑郁情绪，不过具体机制还在进一步研究中。皮肤问题： 部分肠道菌群失调的人可能会出现皮肤问题，像痤疮、湿疹等，这可能是因为肠道菌群失衡影响了身体的整体代谢和免疫状态，进而反映到皮肤上。