肠道菌群失调的症状表现多样。大约有20% - 30%肠道菌群失调的人会出现消化道症状，比如腹泻，这是比较常见的，每天排便次数可能会增加到3 - 5次甚至更多，粪便多为稀水样；还有些人会出现便秘，排便困难，间隔时间延长。
消化道相关症状
腹泻表现： 肠道菌群失调时，有益菌减少，有害菌等异常增多，影响肠道正常的吸收和分泌功能，导致水分和电解质紊乱，引发腹泻，粪便可能不成形，呈稀糊状或水样。便秘表现： 肠道菌群失调可能使肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，从而出现便秘，排便费力，粪便干结。
全身不适症状
疲劳乏力： 肠道是人体重要的消化和吸收器官，菌群失调会影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，就容易感到疲劳乏力，即使休息后也难以恢复精力。大约有15% - 20%肠道菌群失调的人会有这种全身乏力的感觉。免疫力下降： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群失调会使肠道免疫屏障功能受损，人体抵抗力降低，更容易受到病菌侵袭，比如频繁感冒、呼吸道感染等情况可能增多。
代谢相关症状
体重变化： 肠道菌群参与食物的代谢过程，菌群失调可能影响营养物质的代谢和吸收效率，进而导致体重改变。有的人体重会下降，因为营养吸收不良；也有的人可能因为代谢紊乱出现体重上升的情况，但相对较少见。血糖血脂异常： 有研究发现，肠道菌群失调可能影响血糖和血脂的代谢。比如可能会使胰岛素抵抗的风险增加，影响血糖的稳定；也可能导致血脂代谢紊乱，使血液中胆固醇、甘油三酯等指标出现异常。大约有10% - 15%肠道菌群失调的人会出现不同程度的血糖血脂异常情况。