肠菌群失调的表现多样，比如约有30%-60%的患者会出现消化道症状。
消化道方面的表现
腹泻： 这是比较常见的表现之一，肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌可能大量繁殖，影响肠道正常的消化吸收和屏障功能，导致肠道蠕动加快，出现腹泻症状，每天排便次数可能增多，可达3-5次甚至更多，粪便性状可能为稀水样便等。便秘： 与腹泻相反，部分肠菌群失调的人会出现便秘情况。因为肠道菌群失衡可能影响肠道的正常运动功能，使肠道蠕动减缓，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，从而导致大便干结、排便困难，每周排便次数可能少于3次。
全身方面的表现
免疫力下降： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，当肠菌群失调时，肠道的免疫屏障功能受到影响，人体抵御外界病菌等的能力下降，更容易频繁生病，比如感冒、呼吸道感染等疾病的发生频率可能增加。据统计，肠菌群失调者相比肠道菌群正常者，患病几率可能高出2-3倍。营养不良： 肠道菌群参与食物的消化分解等过程，若菌群失调，会影响对营养物质的吸收，长期可能导致营养不良。表现为体重下降、面色苍白、乏力等，因为身体无法有效摄取和利用蛋白质、维生素、矿物质等营养成分。
其他特殊表现
情绪异常： 肠道和大脑之间存在肠 - 脑轴，肠菌群失调可能影响神经递质的合成等，进而影响情绪。部分人会出现情绪低落、焦虑、抑郁等情况，有研究发现，约40%-50%的肠菌群失调患者可能伴有不同程度的情绪问题。皮肤问题： 肠道菌群失调还可能反映在皮肤上，出现皮肤瘙痒、皮疹等症状。这是因为肠道菌群代谢产物等可能通过血液循环影响皮肤，当菌群失调时，这些代谢产物的异常可能刺激皮肤，导致皮肤出现不适状况。