肠道菌群失调症会有多种表现。一般来说，肠道菌群失调症可能出现消化系统方面的症状，比如大约有30% - 50%的患者会出现腹泻，粪便多为糊状，可能带有泡沫、黏液等；也有部分患者会出现便秘，排便困难，间隔时间较长。
消化系统症状表现
腹泻表现： 肠道菌群失调时，有害菌大量繁殖可能破坏肠道正常的消化吸收功能，导致腹泻。这种腹泻可能没有明显的感染迹象，每天排便次数可能在3 - 10次不等，粪便性状改变明显，呈稀水样或者含有未消化的食物残渣等。便秘表现： 当肠道内有益菌减少，有害菌影响肠道蠕动功能时，就会出现便秘。患者排便费力，粪便干结，每周排便次数可能少于3次，而且排便过程不顺畅。
全身症状表现
乏力： 由于肠道菌群失调影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，患者会感觉浑身乏力，即使经过休息也难以缓解，这种乏力感可能会持续较长时间。消瘦： 长期的肠道菌群失调会使营养吸收障碍，患者会出现体重下降、消瘦的情况。如果这种情况持续存在，体重可能在1个月内下降2 - 5公斤左右，身体会逐渐变得虚弱。
其他伴随症状表现
腹痛： 部分肠道菌群失调症患者会有腹痛症状，腹痛部位多在脐周，疼痛性质多样，可为隐痛、胀痛等，疼痛程度因人而异，有的患者疼痛较轻，不影响日常生活，有的患者疼痛较明显，会干扰正常的工作和休息。情绪变化： 肠道和大脑之间有双向的神经联系，称为肠 - 脑轴。肠道菌群失调可能影响神经递质的合成和代谢，从而导致患者情绪出现变化，比如容易出现焦虑、抑郁等情绪，大约有20% - 30%的肠道菌群失调患者会有不同程度的情绪改变。