卵巢囊肿是否需要手术不能一概而论，一般直径小于5厘米且无明显症状的囊肿，约有1/4可能是生理性的，可先观察，3~6个月后复查B超，若囊肿消失则无需手术；但如果囊肿直径大于5厘米，或持续存在超过3个月，或者怀疑囊肿为恶性，通常就需要手术。
生理性囊肿的情况
黄体囊肿： 女性排卵后形成黄体，部分人黄体可能形成囊肿，一般直径多在3厘米左右，多数在月经干净后会自行消失，这种情况通常不需要手术，定期复查即可，观察时间一般是月经周期后的3~6个月内。滤泡囊肿： 是因卵泡不破裂或持续存在形成的囊肿，多数直径小于5厘米，也有自行消退的可能，同样可以先观察，等待其自然消失。
病理性囊肿的情况
巧克力囊肿： 属于子宫内膜异位症的一种病变，会逐渐增大，还可能引起痛经、不孕等问题。如果囊肿较大，比如直径超过5厘米，或者痛经症状严重影响生活，就需要考虑手术治疗。而且巧克力囊肿复发几率较高，术后可能需要药物辅助治疗来降低复发风险。浆液性或黏液性囊腺瘤： 这类囊肿有一定恶变倾向，一旦发现囊肿较大，比如直径超过5厘米，就建议手术切除，因为随着囊肿增大，恶变的可能性会增加，通过手术切除可以明确囊肿性质，防止发生更严重的问题。畸胎瘤： 畸胎瘤里面可能含有毛发、油脂、牙齿等成分，多数为良性，但也有恶变可能，所以一旦发现卵巢畸胎瘤，不管大小，通常建议手术切除，尤其是青春期和生育年龄的女性，更要重视畸胎瘤可能带来的影响。
特殊情况的处理
绝经后女性卵巢囊肿： 绝经后女性卵巢囊肿更需警惕恶性病变，因为绝经后卵巢功能衰退，囊肿恶变风险相对增加。如果发现绝经后有卵巢囊肿，不管大小，都建议尽快手术，通过手术切除囊肿并进行病理检查，明确囊肿性质，以便及时采取进一步治疗措施。