肠胃性感冒主要是由病毒感染引起的，常见的如柯萨奇病毒等，约有10%-20%的肠胃性感冒是由病毒感染导致的。
病毒感染途径
通过接触传播： 比如接触了被病毒污染的手，然后又触摸口鼻等部位，就容易感染病毒引发肠胃性感冒。例如在公共场所，很多人接触过公共物品后，手上可能沾染了病毒，如果不及时洗手就去拿食物吃，就很容易让病毒进入消化道。空气飞沫传播： 患者打喷嚏、咳嗽时产生的飞沫中含有病毒，其他人吸入这些飞沫后，病毒就可能在呼吸道和消化道内引发感染。在人群密集的地方，像学校教室、拥挤的公交车上，这种传播风险相对较高。
自身抵抗力因素
儿童抵抗力弱： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相比成年人更容易受到病毒的侵袭。一般5岁以下的儿童肠胃性感冒的发病率相对较高。比如在流感季节，儿童感染肠胃性感冒的概率比成年人要高不少。免疫力低下人群： 患有基础疾病，如艾滋病、糖尿病等的人群，或者长期服用免疫抑制剂的人，他们的身体免疫力较低，对病毒的抵御能力减弱，更容易患上肠胃性感冒。例如一位糖尿病患者，因为血糖控制不佳，身体抵抗力下降，就比健康人更易感染引发肠胃性感冒。
环境因素影响
气温突变： 当气温突然降低时，人体的呼吸道和消化道的防御功能可能会受到影响。比如在季节交替的时候，早晚温差较大，如果没有及时增添衣物，就容易引起肠胃功能紊乱，同时也为病毒感染创造了条件。潮湿环境： 长期处于潮湿的环境中，也可能增加肠胃性感冒的发病几率。因为潮湿的环境有利于病毒的存活和传播，比如一些地下室或者长期通风不良、比较潮湿的房间，病毒更容易滋生，人在这样的环境中停留较长时间就容易被感染。