胃肠感冒主要是由病毒感染引起的，像柯萨奇病毒、埃可病毒等都可能导致胃肠感冒，其中柯萨奇病毒感染较为常见。
病毒感染途径
通过呼吸道传播： 当人体吸入含有病毒的飞沫时，病毒就有可能进入呼吸道并进而影响到胃肠道。比如在人群密集的场所，像超市、公交车等地方，空气流通不畅，病毒容易传播。经消化道感染： 如果食用了被病毒污染的食物或水，病毒会随着食物进入消化道，从而引发胃肠感冒。例如吃了没有洗净的瓜果，或者喝了被污染的水源。
自身抵抗力因素
儿童易患病： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相对成年人来说抵抗力较弱，所以儿童患胃肠感冒的几率比成年人更高。一般5 - 10岁的儿童是胃肠感冒的高发人群。免疫力低下人群： 像患有慢性病、长期熬夜、过度劳累的人，他们的身体免疫力较低，更容易受到病毒的侵袭而患上胃肠感冒。比如一些癌症患者在化疗期间，身体免疫力下降，就容易出现胃肠感冒的症状。
环境因素影响
气温突变： 当气温突然降低时，人体的血管会收缩，呼吸道局部的抵抗力就会下降，这时候病毒就容易入侵。比如在季节交替的时候，气温变化较大，胃肠感冒的发病率会有所升高。居住环境潮湿： 长期处于潮湿的居住环境中，也容易滋生病毒等病原体，增加胃肠感冒的发病风险。例如南方的梅雨季节，空气湿度大，胃肠感冒的患者数量可能会增多。