肠胃性感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，同时也可能伴有细菌混合感染。一般来说，70%~80%的肠胃性感冒是由病毒感染导致的。
病毒感染是主因
柯萨奇病毒： 这是引发肠胃性感冒的常见病毒之一，它会侵袭胃肠道，导致胃肠道功能紊乱，出现恶心、呕吐、腹泻等症状。比如在人群密集的场所，如学校、幼儿园等，柯萨奇病毒容易传播，从而增加肠胃性感冒的发病风险。其他病毒： 像埃可病毒等也可能引起肠胃性感冒，它们同样会对胃肠道黏膜产生刺激，影响胃肠道的正常消化和吸收功能。
环境因素易诱发
气温突变： 当气温突然降低时，人体的免疫力可能会受到一定影响，呼吸道和胃肠道的抵抗力也会下降，这时候就容易受到病毒的侵袭，引发肠胃性感冒。例如在季节交替的时候，早晚温差较大，如果没有及时增减衣物，就比较容易患上肠胃性感冒。卫生条件差： 生活环境不卫生，比如饮用水被污染、食物没有妥善保存受到细菌或病毒污染等，都可能使人感染病毒，进而引发肠胃性感冒。比如食用了被病毒污染的生冷食物，就很容易出现肠胃不适的症状。
自身免疫力影响
免疫力低下人群： 本身免疫力较差的人，如老年人、儿童以及患有慢性疾病的人，更容易患上肠胃性感冒。老年人身体机能衰退，儿童免疫系统尚未发育完全，慢性疾病患者的身体抵抗力本来就弱，这些人群在面对病毒时，更难抵御病毒的入侵，从而增加了肠胃性感冒的发病几率。过度劳累： 长期过度劳累会使身体处于疲劳状态，导致免疫力下降，此时病毒就容易乘虚而入，引发肠胃性感冒。比如一些工作压力大、经常熬夜的人，就比较容易出现肠胃不适、感冒等症状。