扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如，儿童时期机体免疫力相对较低，容易遭受细菌、病毒的侵袭，像乙型溶血性链球菌、葡萄球菌等病原体反复感染扁桃体，就会导致扁桃体反复发炎，进而刺激扁桃体淋巴组织增生，使得扁桃体肥大，这种情况在儿童中的发生率相对较高。
一、感染因素导致
病毒感染： 常见的引起扁桃体肥大的病毒有腺病毒等。例如，腺病毒感染后，会引发扁桃体的炎症反应，长期的炎症刺激会使扁桃体逐渐肥大。一般来说，病毒感染引起的扁桃体肥大，在感染控制后部分可能会有所缓解，但如果反复感染，肥大情况可能持续存在。细菌感染： 乙型溶血性链球菌是导致扁桃体细菌感染的常见病原体。当人体抵抗力下降时，乙型溶血性链球菌容易侵入扁桃体，引发急性扁桃体炎。如果急性扁桃体炎反复发作，就很容易导致扁桃体结缔组织增生，进而出现扁桃体肥大。据统计，儿童因乙型溶血性链球菌感染导致扁桃体反复发炎进而肥大的情况较为多见。
二、自身免疫因素相关
人体的免疫系统如果出现异常，也可能与扁桃体肥大有关。当免疫系统把扁桃体的组织当作外来的“敌人”进行攻击时，会导致扁桃体出现炎症性的增生。不过，自身免疫因素导致的扁桃体肥大相对来说在临床上所占比例相对病毒、细菌感染因素要低一些，但也是一个不可忽视的方面。例如，一些自身免疫性疾病患者，可能会伴随扁桃体肥大的情况。
三、过敏因素影响
过敏反应也可能引发扁桃体肥大。比如，患者接触了花粉、尘螨等过敏原后，身体会发生过敏反应，扁桃体作为呼吸道的一部分，也会受到影响，出现充血、水肿以及淋巴组织增生等情况，长期的过敏状态就可能导致扁桃体肥大。而且，过敏导致的扁桃体肥大往往还会伴随其他过敏症状，如鼻塞、流涕、打喷嚏等。