治牙周炎的药物有多种，常见的如甲硝唑，它能抑制厌氧菌生长，对牙周炎有一定治疗作用。一般来说，牙周炎的药物治疗需根据病情选择合适药物。
抗生素类药物
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧的革兰氏阴性和阳性杆菌及球菌有较强抗菌活性，能有效抑制牙周炎患者口腔内的厌氧菌感染，从而减轻炎症。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用，有中枢神经系统疾患的患者也要慎用。阿莫西林： 是广谱青霉素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，可用于牙周炎伴有需氧菌感染的情况。但对青霉素过敏者禁用，用药前需做青霉素皮试。
抗菌斑药物
氯己定含漱液： 是常用的抗菌斑药物，能显著减少牙菌斑中的细菌数量，使用0.12% - 0.2%的氯己定含漱液，每天含漱2次，每次10 - 20毫升，可抑制菌斑形成，减轻牙龈炎症。不过长期使用可能会使牙齿和舌面着色，停药后可逐渐消退。碘甘油： 局部应用碘甘油能缓慢释放碘，有杀菌、收敛、消炎的作用，可涂抹于牙龈沟内，对减轻牙周炎的红肿、疼痛有一定帮助。但对碘过敏者禁用。
抗炎类药物
布洛芬： 属于非甾体类抗炎药，具有解热、镇痛、抗炎作用，能缓解牙周炎引起的疼痛和炎症。不过，有消化道溃疡病史、严重肝肾功能不全的患者要慎用，服用时可能会有胃肠道不适等不良反应。泼尼松龙： 是糖皮质激素类药物，对于严重的急性牙周炎患者，在其他治疗无效时，可短期使用，但长期使用会有较多副作用，如引起骨质疏松、血糖升高、诱发感染等，需严格掌握适应证和剂量。