甲状旁腺功能减退主要是由于甲状旁腺激素分泌减少或作用障碍引起的。据统计，手术损伤是导致甲状旁腺功能减退较常见的原因，约占所有病例的60% - 70%。
一、手术相关因素导致
颈部手术损伤： 当进行甲状腺手术、颈部恶性肿瘤手术等颈部相关手术时，有可能误切、挫伤甲状旁腺，从而影响甲状旁腺激素的分泌。比如甲状腺癌根治术，手术范围较大，操作精细，就存在损伤甲状旁腺的风险。甲状旁腺自身病变： 甲状旁腺自身的疾病也会引发功能减退。像甲状旁腺自身免疫性损伤，患者自身免疫系统错误地攻击甲状旁腺，导致甲状旁腺细胞受损，功能下降。还有遗传性因素导致的甲状旁腺发育异常，使得甲状旁腺从胚胎时期就存在结构或功能上的缺陷，出生后逐渐出现甲状旁腺功能减退的表现。
二、遗传因素相关
先天性甲状旁腺发育不全： 某些遗传性疾病会导致先天性甲状旁腺发育不全，使得甲状旁腺不能正常发育，进而无法产生足够的甲状旁腺激素。这种情况往往在出生后就可能表现出甲状旁腺功能减退的迹象，而且具有一定的家族遗传倾向。家族性甲状旁腺功能减退症： 有一些家族性的疾病模式，家族中多个成员可能患有甲状旁腺功能减退症，这与特定的基因变异有关。基因的突变影响了甲状旁腺激素的合成、分泌或作用途径，导致家族成员相继出现甲状旁腺功能减退的症状。
三、其他少见原因
浸润性病变： 一些全身性的浸润性疾病也可能累及甲状旁腺，影响其功能。例如血色病，患者体内铁代谢异常，过多的铁沉积在甲状旁腺等器官组织中，导致甲状旁腺细胞受损，功能受到影响。还有淀粉样变性，异常的淀粉样物质沉积在甲状旁腺，干扰其正常的生理功能，引发甲状旁腺功能减退。