月经不规律时算怀孕周期可以通过以下方法：首先，通过末次月经日期来大致估算。比如，最后一次月经第一天开始的日期，从那天往后数，到现在的天数就是怀孕的大致天数。不过，如果月经不规律，这种方法可能有一定误差。
通过超声检查推算
早期超声检查： 在怀孕早期，大约怀孕6 - 8周时做超声检查很重要。医生可以根据孕囊的大小来推算怀孕周期。一般来说，怀孕6周左右孕囊直径约2 - 3厘米，通过测量孕囊的长、宽、高，按照一定的公式可以估算出怀孕的天数。例如，根据孕囊平均直径（长 + 宽 + 高）÷3来计算，大约每0.3厘米相当于怀孕1周。中晚期超声检查： 在怀孕11 - 13周 + 6天左右，会通过测量胎儿的头臀长（CRL）来准确推算孕周。头臀长的测量误差相对较小，医生会根据头臀长的数值对照标准表格来确定怀孕周期，误差通常在1 - 2天左右。
依据胎动出现时间
初产妇胎动出现时间： 对于月经不规律的初产妇，一般在怀孕18 - 20周左右开始感觉到胎动。如果是经产妇，可能会稍微早一些，在怀孕16 - 18周左右能感觉到胎动。但这只是一个大致的参考，因为每个人的敏感程度不同，感觉到胎动的时间会有差异。
根据基础体温变化
排卵期基础体温变化： 如果能记得自己的基础体温变化情况，在排卵后基础体温会升高0.3 - 0.5℃并持续到下次月经前。如果怀孕了，基础体温会一直维持在较高水平。可以根据最后一次排卵的时间来推算怀孕周期。不过这种方法相对比较主观，而且需要准确记录基础体温，误差相对较大。