嘴巴烂的原因有多种。一般来说，口腔溃疡是导致嘴巴烂比较常见的原因，它的发生可能和多种因素有关，比如约有20% - 30%的人有口腔溃疡家族史，遗传因素会增加患口腔溃疡的风险。
缺乏维生素引起
维生素B族缺乏：当人体缺乏维生素B₂时，就比较容易出现嘴巴烂的情况。比如长期挑食、偏食的人，很容易导致维生素B₂摄入不足。一般蔬菜和粗粮中含有较多的维生素B₂，像每100克的小米中维生素B₂含量约为0.13毫克，如果长期不吃这类食物，就容易缺乏。维生素C缺乏：维生素C对维持口腔黏膜的健康很重要，长期缺乏维生素C会使口腔黏膜的抵抗力下降，容易出现嘴巴烂的情况。正常成年人每天需要摄入100毫克左右的维生素C，像1个中等大小的橙子约含有33毫克维生素C，如果长期摄入不足，就可能引发嘴巴烂。
感染因素导致
病毒感染：单纯疱疹病毒感染是常见的引起嘴巴烂的病毒因素。比如原发性疱疹性口炎，多发生于6个月 - 2岁的儿童，成人也可发病，由单纯疱疹病毒Ⅰ型感染引起，发病时口腔黏膜会出现成簇的小水疱，破溃后形成糜烂面。细菌感染：当口腔卫生状况不佳时，可能会有细菌感染导致嘴巴烂。例如金黄色葡萄球菌感染，会引起口腔局部的炎症，出现红肿、糜烂等症状。如果不注意口腔清洁，食物残渣残留，就为细菌滋生创造了条件。
创伤性因素造成
咬伤：比如吃饭时不小心咬到口腔黏膜，就会形成创伤性的糜烂面，从而导致嘴巴烂。这种情况在生活中很常见，尤其是吃饭比较快或者说话时不小心咬到的人更容易出现。不良修复体刺激：如果口腔内有不合适的假牙等修复体，长期摩擦口腔黏膜，也会引起嘴巴烂。比如假牙的边缘过于锐利，就会不断刺激口腔黏膜，时间长了就会造成局部的糜烂、溃疡等情况。