骨髓炎主要是由细菌感染引发的，常见的致病菌有金黄色葡萄球菌等，约50%的慢性骨髓炎患者是由金黄色葡萄球菌引起的。
创伤相关引发
开放性伤口感染： 当皮肤出现开放性伤口，比如擦伤、割伤等，如果没有得到及时有效的清洁和处理，细菌就容易侵入伤口并感染骨骼。例如，一些工人在工作中被金属碎片划伤后，若伤口污染严重且未妥善处理，就可能引发骨髓炎。骨折后感染： 骨折发生后，骨折部位的骨骼暴露，或者手术过程中可能引入细菌，从而导致骨髓炎。像严重的下肢骨折患者，在骨折复位内固定手术之后，有一定概率出现伤口感染进而引发骨髓炎。
血源性感染导致
身体其他部位感染灶经血行传播： 当人体其他部位存在感染病灶，比如足部的溃疡感染、呼吸道感染等，细菌可通过血液循环到达骨骼部位。例如，患有足部真菌感染的患者，真菌可能进入血液，随着血液循环到达骨骼，引发骨髓炎。儿童时期血源性骨髓炎相对常见，因为儿童的骨骺板附近的微小终末动脉与毛细血管易形成血管襻，血液回流缓慢，细菌易停留在此处引发感染。
医源性因素引起
医疗器械操作相关： 在一些骨科手术中，如关节置换术、骨肿瘤手术等，由于手术操作过程中可能污染骨骼，或者植入的医疗器械成为细菌滋生的场所，从而引发骨髓炎。例如，关节置换术后，假体周围可能会有细菌定植，逐渐引发骨髓炎。另外，长期进行骨髓穿刺等有创操作时，如果操作不规范，也可能将细菌带入骨骼，导致骨髓炎发生。