生化妊娠是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。导致生化妊娠的原因有多种，比如胚胎因素，据统计，约50% - 60%的生化妊娠是因为胚胎染色体异常，这是最常见的原因之一，染色体异常可能在受孕早期就导致胚胎发育不良，无法正常着床；还有子宫因素，子宫内膜厚度不合适也会影响着床，比如子宫内膜过薄（厚度小于7mm时可能影响着床）或者过厚且不均匀，都会干扰受精卵的着床过程；另外，内分泌因素也很关键，黄体功能不全就是常见的内分泌问题，女性黄体期分泌的孕酮不足，会使得子宫内膜不利于受精卵着床，大约有20% - 30%的生化妊娠与黄体功能不全有关；免疫因素也不能忽视，自身免疫异常时，母体的免疫系统可能会攻击受精卵，比如存在抗磷脂抗体等自身抗体时，就容易导致生化妊娠。
胚胎因素方面
染色体异常情况： 除了整体约50% - 60%的比例外，夫妻一方如果有染色体结构或数目异常，也会增加胚胎染色体异常的概率，进而引发生化妊娠。例如，男性染色体平衡易位携带者，其精子携带异常染色体的概率较高，与卵子结合后形成的胚胎很多是异常的，容易发生生化妊娠。胚胎质量问题： 即使夫妻双方染色体正常，在受孕过程中，胚胎也可能因为受到外界不良因素影响而质量变差，比如女性在怀孕早期接触了辐射、有毒化学物质等，都可能导致胚胎质量下降，出现生化妊娠。
子宫因素方面
子宫内膜厚度影响： 正常情况下，子宫内膜厚度在8 - 12mm比较适合受精卵着床，如果子宫内膜过薄，比如小于7mm，受精卵很难着床成功，就容易发生生化妊娠；而子宫内膜过厚且不均匀时，也会影响受精卵的植入，因为不均匀的内膜环境不利于受精卵稳定着床。子宫内膜病变影响： 像子宫内膜息肉、子宫肌瘤等子宫病变也会干扰着床，子宫内膜息肉会占据宫腔空间，影响受精卵着床位置，大约有10% - 15%的生化妊娠与子宫内膜息肉有关；子宫肌瘤如果长在合适位置，也会阻碍受精卵着床。
内分泌因素方面
黄体功能不全详情： 女性黄体期一般是排卵后到月经来潮前的时期，正常黄体期分泌的孕酮能使子宫内膜转化为分泌期，利于着床。如果黄体功能不全，孕酮分泌量不足，比如血清孕酮水平低于15ng/ml时，就会导致子宫内膜分泌反应不良，影响受精卵着床，从而引发生化妊娠。甲状腺功能异常影响： 甲状腺功能减退或亢进也会影响生化妊娠。甲状腺功能减退时，体内激素调节紊乱，会影响子宫内膜的容受性，大约有5% - 10%的生化妊娠与甲状腺功能异常有关；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰生殖内分泌环境，导致生化妊娠发生概率增加。
免疫因素方面
自身免疫抗体影响： 抗磷脂抗体是比较常见的自身免疫抗体，当存在抗磷脂抗体时，会引起血管内皮损伤，影响子宫胎盘循环，使得受精卵着床环境不佳，大约有10% - 15%的生化妊娠与抗磷脂抗体等自身免疫抗体相关；还有抗子宫内膜抗体等，也会攻击子宫内膜，影响着床。同种免疫异常影响： 母体对胚胎的免疫耐受异常也会导致生化妊娠，比如母体免疫系统不能正常识别胚胎为“自身组织”，而将其当作“外来物”进行攻击，就会使得受精卵无法在子宫着床，这种情况大约占生化妊娠原因的5%左右。