肛周脓肿主要是肛腺感染引起的。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，然后蔓延至肛腺。肛腺形成脓肿后，会向周围组织间隙扩散，从而引发肛周脓肿。据临床统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
感染因素导致
肛窦感染： 肛窦形似口袋，容易积存粪便和细菌，一旦发生炎症，细菌就可能侵入肛腺。比如长期便秘或腹泻的人，粪便容易刺激肛窦，增加感染风险。其他细菌感染： 大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌感染也可能引发肛周脓肿。当身体抵抗力下降时，这些细菌容易在肛周部位滋生繁殖，导致感染扩散形成脓肿。
肛门损伤引发
外伤磕碰： 肛门部位受到外力撞击、擦伤等，如久坐硬物、剧烈运动时的碰撞等，皮肤或黏膜受损，细菌就容易侵入伤口引发感染。例如长时间骑自行车的人，肛门部位受到反复摩擦和挤压，容易出现损伤进而感染。医源性损伤： 肛肠检查或治疗时操作不当也可能导致肛周感染。比如肠镜检查时，如果用力不当，可能损伤肠道黏膜，细菌随之进入引发脓肿；痔疮手术等肛肠手术过程中，如果消毒不彻底或操作不规范，也有引发肛周脓肿的可能。
全身疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力较低，容易发生各种感染，包括肛周感染。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，使得肛周脓肿的发病风险比正常人高很多。研究发现，糖尿病患者肛周脓肿的发生率比非糖尿病患者高2 - 5倍。免疫功能低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，自身免疫功能受到抑制，对细菌的抵御能力减弱，容易遭受细菌侵袭引发肛周脓肿。这类人群一旦出现肛周不适，应及时就医排查。