肌肉萎缩的原因有多种。一般来说，神经源性因素是常见原因之一，比如运动神经元病，这是一种慢性进行性神经系统变性疾病，会导致脊髓前角细胞和脑干运动神经核变性，进而引起肌肉萎缩，发病年龄多在30~60岁左右。还有脊髓损伤，严重的脊髓损伤会破坏神经传导，影响肌肉的正常功能，从而引发肌肉萎缩。
神经源性因素导致
运动神经元病： 它会逐步破坏控制肌肉运动的神经细胞，使得肌肉无法得到正常的神经信号支配，慢慢就会出现萎缩现象，目前虽然还没有完全根治的方法，但早期发现可以通过一些药物来延缓病情进展。脊髓损伤： 当脊髓受到外伤等损伤后，神经传导通路被阻断，受伤平面以下的肌肉失去神经的有效调控，长时间就会发生萎缩，脊髓损伤严重程度不同，肌肉萎缩的程度和进展速度也不一样。
肌源性因素导致
肌营养不良症： 这是一组遗传性肌肉疾病，像杜氏肌营养不良症，多见于男孩，通常在3~5岁开始发病，患儿会逐渐出现肌肉无力和萎缩，随着病情发展，会严重影响运动功能，甚至导致瘫痪。还有肢带型肌营养不良症，发病年龄相对较广，从儿童到成人都可能发病，表现为骨盆带和肩胛带肌肉逐渐萎缩无力。炎性肌病： 比如多发性肌炎，是一种自身免疫性疾病，机体免疫系统错误地攻击肌肉组织，导致肌肉发炎、变性，进而出现萎缩，患者可能会有肌肉无力、疼痛等症状，血液检查会发现肌酶升高等异常。
废用性因素导致
长期卧床： 长期卧床的人由于肌肉长时间不活动，缺乏运动刺激，肌肉会逐渐萎缩，一般长期卧床超过2周，就可能出现明显的肌肉萎缩迹象，尤其是下肢肌肉更容易受到影响。比如一些重症患者因为疾病原因需要长期卧床，就需要进行康复训练来预防肌肉萎缩。石膏固定： 骨折后用石膏固定的肢体，由于活动受限，相应部位的肌肉会因为得不到正常使用而发生废用性萎缩，固定时间越长，肌肉萎缩的程度可能越严重，一般石膏固定4周以上，就需要开始进行肌肉的康复锻炼来防止萎缩加重。