大便肛门疼痛可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛门缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可变大，一般无触痛，合并感染时可有肿胀、疼痛。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，可伴有肛门疼痛。
4.肛管及周围炎症：肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿等均可引起肛门疼痛。
5.肛门直肠神经官能症：阴部神经症候群、直肠炎症等均可引起肛门疼痛。
6.其他：恶性肿瘤、盆底肌肉痉挛、耻骨直肠肌综合征等也可导致肛门疼痛。
如果出现大便肛门疼痛，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯，有助于缓解症状。