大便肛门疼痛的原因可能有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。引起肛裂的原因很多，主要与肛管局部解剖结构、感染、外伤等因素有关。
肛管局部解剖结构：肛管外括约肌浅部在肛门后方形成肛尾韧带，较坚硬，伸缩性差；肛提肌大部分附着于肛管两侧，前部较后部附着处更坚韧。这两个因素导致肛管容易损伤，形成肛裂。
感染：齿状线附近的慢性炎症，如后正中处的肛窦炎，向下蔓延而致皮下脓肿，破溃而成为肛裂。
外伤：干硬的粪便或异物容易引起肛管皮肤的损伤，继之感染而逐渐形成肛裂。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，或发生血栓形成时，均可引起肛门疼痛。
3.肛管直肠周围脓肿：起病急，且逐渐加重，多为胀痛、跳痛或烧灼样痛。在肛门周围皮下可摸到柔软、压痛的肿物，严重时伴有全身症状，如发热、乏力等。
4.肛乳头炎：主要表现为肛门内间歇性疼痛，急性发作时肛门内有刺痛、灼热感，排便时疼痛加重，有时伴有少量出血，肛门镜检查时在齿线附近可摸到小结节。
5.直肠癌：早期无明显症状，病情进展到一定程度时，可出现大便习惯改变、大便带血、肛门疼痛等症状。老年人、有痔疮或肛瘘病史者，应提高警惕。
6.其他：肛门直肠神经官能症、肛管直肠癌侵犯肛管、肛门周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔等均可引起不同程度的肛门疼痛。此外，骶尾部肿瘤、阴部神经痛等也可引起肛门疼痛。
如果出现大便肛门疼痛，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。