大便肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。好发于青壮年，儿童也可发生，老年人较少见。肛裂最常见的部位是肛门的前后正中，以前正中为多。肛裂的典型表现是肛门疼痛、便秘和出血。疼痛多剧烈，有典型的周期性。排便时由于肛门内括约肌痉挛，可引起肛门剧痛，便后数分钟疼痛缓解，称疼痛间歇期。随后因肛门括约肌收缩痉挛，再次剧痛，此期可持续半到数小时，临床称为肛裂疼痛周期。
2.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。外痔表面盖以皮肤，可以看见，不能送入肛内，不易出血，以疼痛和有异物感为主要症状。临床常分为结缔组织外痔、静脉曲张性外痔、炎性外痔和血栓外痔。
3.内痔：内痔生于齿线以上，由粘膜下痔内静脉丛扩大曲张所形成柔软的静脉团，称为内痔。内痔是诸痔中发病率最高的常见病，多发于肛门右前、右后和左侧[1,2]。
4.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管、直肠周围脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。是常见的肛管直肠疾病，也是肛管、直肠炎症病理过程的急性期，肛瘘是慢性期。常见的致病菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧性细菌和结核杆菌，常是多种病菌混合感染，肛门周围皮下脓肿最常见。
5.肛管直肠癌：肛管直肠癌破溃、感染后，脓液和粪便容易污染肛门口，导致局部炎症、水肿，疼痛明显。
6.肛门异物损伤：多为外伤异物残留或饮食不当，鱼刺、骨片嵌插肛管直肠所致，故需请医生仔细检查，取出异物，疼痛即能缓解。若滞留时间过长，可引起局部感染。
7.肛门直肠神经官能症：阴部神经症候群、直肠炎症等均可引起肛门直肠疼痛，临床上常需注意，加以鉴别。