肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于肛窦，当粪便干结等原因导致肛窦损伤时，细菌就容易侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症向周围蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛窦感染引发
肛窦特点： 肛窦形似口袋，开口向上，粪便容易积存其中，一旦发生损伤，就为细菌入侵创造了条件。比如，长期便秘的人，干结的粪便容易擦伤肛窦，增加感染风险。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延，因为这些间隙是细菌容易扩散的通道，从而逐渐形成肛周脓肿。
肛门周围皮肤感染导致
皮肤损伤因素： 肛门周围皮肤受到外伤，像擦伤、刺伤等，如果没有及时清洁和处理，细菌就会从伤口侵入。例如，久坐导致臀部皮肤受压破损，若不注意卫生，就可能引发感染进而形成肛周脓肿。毛囊皮脂腺感染： 肛门周围的毛囊和皮脂腺丰富，当毛囊皮脂腺发生感染时，也可能发展为肛周脓肿。比如，油性皮肤的人，肛门周围皮脂腺分泌旺盛，更容易出现毛囊皮脂腺感染。
身体免疫力低下引发
疾病影响免疫力： 患有糖尿病等慢性疾病的人，由于血糖控制不佳，身体免疫力会下降，容易受到细菌感染，包括肛周部位的感染。研究发现，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高。长期使用免疫抑制剂： 一些接受器官移植的患者需要长期使用免疫抑制剂来防止排异反应，这会使身体免疫力降低，增加肛周脓肿的发病几率。比如，肾移植术后的患者，就处于相对免疫低下的状态，容易出现肛周感染形成脓肿。