男性肛周脓肿主要是因肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于直肠肛瓣内，若粪便堵塞肛窦，就会导致肛腺感染，感染蔓延至肛周间隙从而引发脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 男性如果经常腹泻、便秘，就容易损伤肛窦。据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长期便秘的男性，干结的大便容易划破肛窦，使细菌容易侵入肛腺引发感染。肛腺阻塞： 不良的生活习惯也可能导致肛腺阻塞，像久坐、不爱运动的男性，肛门局部血液循环不畅，肛腺分泌物排出受阻，容易淤积，为细菌滋生创造条件，增加肛周脓肿的发病风险。
局部卫生问题
清洁不到位： 男性如果不注意肛周局部清洁，污垢容易积聚，细菌容易在肛周滋生。特别是肥胖的男性，肛周褶皱多，更要注意清洁，否则细菌容易感染肛周组织引发脓肿。研究发现，不注意肛周清洁的男性，肛周脓肿发生率比注意清洁的男性高约3倍。穿着不恰当： 穿着紧身、不透气的内裤，会使肛周局部环境潮湿闷热，有利于细菌繁殖。比如一些男性喜欢穿紧身牛仔裤，长时间穿着会让肛周处于不透气的环境，增加肛周脓肿的发生几率。
全身性疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染。据临床观察，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，且患者自身免疫功能受影响，感染后不易恢复，容易引发肛周脓肿。免疫功能低下者： 长期服用免疫抑制剂的男性，或者患有艾滋病等免疫缺陷疾病的男性，免疫功能低下，对细菌的抵抗力减弱，容易发生肛周感染进而引发肛周脓肿。例如，长期服用糖皮质激素治疗疾病的男性，其免疫功能受到抑制，肛周感染的风险明显增加。