肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，然后蔓延至肛腺。肛腺感染后炎症向周围蔓延，就可能形成肛周脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿与肛腺感染相关。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便干结等情况容易导致肛窦损伤，比如长期便秘的人，粪便过硬擦伤肛窦，细菌就容易侵入肛腺。据临床观察，长期便秘人群发生肛周脓肿的风险比正常人群高约2 - 3倍。肛腺自身特点： 肛腺是一种管状结构，一旦感染，炎症容易在其中蔓延扩散，因为它的结构使得感染不容易局限，从而向周围组织扩散形成脓肿。
局部卫生问题导致
清洁不彻底： 肛门局部清洁不到位，会有较多的细菌残留，比如有些人排便后擦拭不净，粪便残留在肛周，细菌滋生，容易引发感染进而导致肛周脓肿。研究发现，不注意肛门局部清洁的人群，肛周脓肿的发生率比经常保持肛门清洁的人群高约50%。穿着不恰当： 穿着紧身不透气的内裤，会使肛门局部温度升高、湿度增加，有利于细菌繁殖，增加肛周脓肿的发生几率。比如长时间穿着紧身化纤内裤的人，肛周皮肤处于潮湿温热环境，更易感染引发脓肿。
全身性疾病引发
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，容易受到细菌感染。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，一旦肛腺等部位受到细菌侵袭，就更容易发展成肛周脓肿。临床统计显示，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率是非糖尿病患者的2 - 3倍。免疫功能低下者： 像艾滋病患者或者长期使用免疫抑制剂的人，自身免疫防御功能减弱，对细菌等病原体的抵抗力降低，容易发生各种感染，包括肛周的感染，进而引发肛周脓肿。这类人群发生肛周脓肿后，病情往往相对较重，治疗也更复杂。