甲状腺功能减退的原因有多种。其中，自身免疫性疾病是常见原因之一，像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。
自身免疫因素导致
自身免疫性甲状腺炎： 人体自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，机体产生了攻击甲状腺的抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体持续破坏甲状腺细胞，影响甲状腺激素的合成和分泌，从而引发甲状腺功能减退。
甲状腺手术或放射性碘治疗后
甲状腺手术： 如果因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行了甲状腺部分或全部切除手术，剩余的甲状腺组织分泌的甲状腺激素不足以维持机体正常需求，就容易出现甲状腺功能减退。一般在甲状腺切除术后，约有30% - 80%的患者会逐渐发展为甲状腺功能减退，具体比例与手术范围等因素有关。放射性碘治疗： 放射性碘治疗常用于甲亢的治疗，利用放射性碘被甲状腺摄取后释放射线破坏甲状腺组织，以减少甲状腺激素的产生。但如果治疗剂量掌握不当或患者自身甲状腺对射线敏感，可能会导致甲状腺组织被过度破坏，进而引起甲状腺功能减退，通常在治疗后数月至数年可能逐渐出现甲状腺功能减退的表现。
药物影响
某些药物： 一些药物也可能影响甲状腺功能导致减退。例如，胺碘酮这类含碘的抗心律失常药物，长期服用可能干扰甲状腺激素的代谢，影响甲状腺的正常功能。还有锂剂，常用于治疗躁狂症等精神疾病，长期使用锂剂也可能抑制甲状腺激素的合成，增加甲状腺功能减退的发生风险。
下丘脑或垂体病变
下丘脑病变： 下丘脑是调节内分泌的重要器官，它分泌促甲状腺激素释放激素（TRH），如果下丘脑发生肿瘤、炎症等病变，会影响TRH的分泌，进而导致垂体分泌促甲状腺激素（TSH）减少，最终引起甲状腺激素分泌不足，引发甲状腺功能减退。垂体病变： 垂体发生腺瘤、缺血性坏死等病变时，会使垂体分泌的TSH减少，从而影响甲状腺的正常功能，导致甲状腺激素合成和分泌降低，出现甲状腺功能减退的情况。比如垂体瘤压迫垂体组织，影响TSH的分泌，就可能引发继发性甲状腺功能减退。