三个月宝宝睡觉总是摇头可能与以下因素有关：一是生理性因素，二是病理性因素，三是其他因素。
一、生理性因素：三个月的宝宝如果穿着衣物过厚或者所处环境温度过高，都可能导致其身体出汗，进而出现总是摇头的情况。这是因为宝宝自身的体温调节能力还不完善，过热时就会通过摇头等动作来表达不适。
二、病理性因素：
1.如果三个月宝宝患有佝偻病或者缺乏维生素D，就可能出现一系列临床症状。比如鸡胸，这是胸骨向前突出的畸形表现；枕秃，即宝宝后脑勺头发稀少；以及摇头等。这是由于维生素D缺乏影响钙的吸收，导致骨骼发育异常，同时宝宝也可能因头部不适而摇头。
2.其他相关的病理性原因也可能引发宝宝睡觉时摇头。
三、其他因素：宝宝后枕部如果接触到容易过敏的物品，可能引发过敏症状，导致局部瘙痒，从而引起睡觉时总摇头。
总之，三个月宝宝睡觉总是摇头的原因较多，需要仔细观察和分析，必要时寻求专业医生的帮助，以明确具体原因并采取相应的措施。