三个月宝宝睡觉老是摇头蹬腿，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：三个月的宝宝神经系统发育还不完善，大脑皮层兴奋性低，睡眠时可能会出现摇头、蹬腿等不自主动作。随着宝宝的生长发育，这种现象会逐渐减少。
2.环境因素：如果宝宝睡觉的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过薄，都可能导致宝宝感觉不舒服，从而出现摇头、蹬腿的现象。
3.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、蹬腿等症状。此外，宝宝还可能伴有夜惊、夜啼、方颅、鸡胸等表现。
4.湿疹：如果宝宝头部、面部等部位有湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而引起宝宝摇头、蹬腿。
5.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，肠痉挛、消化不良等也可能导致宝宝睡觉不安稳，出现摇头、蹬腿的现象。
如果宝宝只是偶尔出现摇头、蹬腿的现象，且精神状态良好，一般不需要特殊处理。但如果这种现象频繁出现，或者伴有其他异常表现，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长也要注意给宝宝创造一个舒适的睡眠环境，保持室内温度、湿度适宜，被褥厚薄适中。此外，还要及时给宝宝补充维生素D，促进钙吸收。