肠胃功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物，比如多潘立酮、莫沙必利等。一般来说，根据不同情况用药不同，比如出现消化不良症状时常用促胃肠动力药等。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状。但需要注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 可促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良引起的胃肠功能紊乱症状，如早饱、餐后饱胀、上腹胀痛等。老年人使用时需注意观察，如有不适及时就医。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的肠胃功能紊乱，如腹泻、便秘等。儿童可服用儿童剂型，服用时可用温水送服，避免温度过高影响药效。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。6岁以下儿童服用时，可将颗粒倒入少量温水或牛奶中服用。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞上的质子泵，减少胃酸分泌，可用于治疗因胃酸过多引起的肠胃功能紊乱相关症状，如胃痛、反酸等。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，老年人使用时需注意监测。兰索拉唑： 也是质子泵抑制剂，作用机制与奥美拉唑类似，能有效抑制胃酸分泌，缓解肠胃功能紊乱伴有胃酸过多的情况。肝功能障碍者需慎用，使用过程中要注意观察有无不良反应。