胃肠道功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等。一般来说，常用的调节胃肠动力药物有多潘立酮等，调节肠道菌群的药物有双歧杆菌四联活菌片等。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状。它主要是通过作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可改善功能性消化不良引起的胃肠功能紊乱，如恶心、呕吐、上腹胀等症状。它能选择性地激动胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，抑制有害菌的生长，改善因肠道菌群失调引起的胃肠道功能紊乱，比如腹泻、便秘等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善胃肠功能。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠道功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。它通过特异性地抑制胃壁细胞内的质子泵，阻断胃酸分泌的最后步骤，从而减少胃酸分泌。兰索拉唑： 同样是质子泵抑制剂，可用于治疗胃肠道功能紊乱相关的胃酸过多疾病，如胃溃疡、十二指肠溃疡等引起的不适症状，能有效抑制胃酸分泌，促进溃疡愈合。