胃肠功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物，比如多潘立酮，一般能在一定程度上缓解症状。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解消化不良、腹胀、嗳气、恶心、呕吐等症状。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠蠕动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但对十二指肠、空肠运动亦有促进作用。老年人用药需注意观察，与抗胆碱药物合用时要谨慎。
助消化类药物
复方消化酶： 含有胃蛋白酶、胰蛋白酶、胰淀粉酶等多种消化酶，能促进食物消化，增进食欲。可以用于因胆汁分泌不足或消化酶缺乏而引起的消化不良。但对本品过敏者禁用，急性肝炎患者和胆道完全闭锁患者禁用。乳酶生： 为活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用。常用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等，但抗生素会抑制乳酶生的活性，故不宜同服。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群，改善肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、功能性消化不良等症。不过，抗生素会抑制其活性，服用本品时应间隔2-3小时再服抗生素。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活体地衣芽孢杆菌作为菌种，进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善人体微生态环境，达到治疗目的。抗生素与此药合用时可减低其疗效，故不应同服，必要时可间隔3小时服用。