肠胃功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化等药物，比如常用的有多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般能在一定程度上缓解肠胃功能紊乱引起的消化不良等症状。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而缓解肠胃功能紊乱导致的腹胀、早饱、恶心、呕吐等症状。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、肠胃功能紊乱引起的消化道症状，且不会影响血糖。但对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
助消化类药物
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，具有健胃消食的作用，可用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满；肠胃功能紊乱出现上述消化不良症状时也可服用。儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者应在医师指导下服用。乳酶生： 为活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用，可用于消化不良、肠胃功能紊乱及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等。对乳酶生过敏者禁用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 主要成分是婴儿双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌，用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良等肠胃功能紊乱问题。抗生素可影响本药疗效，应分开服用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠胃功能紊乱。对本药过敏者禁用。