肠功能紊乱可使用调节胃肠动力药、益生菌类药物等。例如，莫沙必利等调节胃肠动力药能促进胃肠蠕动；双歧杆菌四联活菌片等益生菌类药物可调节肠道菌群。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，一般可用于缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状。但需要注意，存在胃肠道出血、机械性梗阻或穿孔的患者禁用。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，如早饱、餐后饱胀、上腹胀痛等。不过，对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者也禁用。
益生菌类药物
双歧杆菌三联活菌胶囊： 含有长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制肠道中对人体具有潜在危害的菌类甚至病原菌。婴儿及儿童可服用，但应遵医嘱，注意冷水送服。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等。两岁以下儿童，一次1袋，一日1 - 2次；两岁以上儿童，一次1 - 2袋，一日1 - 2次，用40℃以下温开水或牛奶冲服，也可直接服用。
解痉止痛类药物
匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，主要用于与肠道功能紊乱有关的疼痛、排便异常和胃肠不适，以及与胆道功能紊乱有关的疼痛。孕妇禁用，服药时切勿咀嚼、掰碎药片，宜在进餐时用水送服。曲美布汀： 可调节胃肠道运动功能紊乱，对胃肠道平滑肌有双向调节作用，能改善胃排空功能障碍，还可抑制胃冷刺激引起的胃运动亢进，适用于胃肠道功能紊乱引起的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹痛、腹泻、便秘等症状。老年人用药需注意观察，必要时适当减量。