3周岁宝宝身高才90cm，可能由以下原因引起：
1.遗传因素：如果父母身高较矮，孩子可能也会受到遗传影响，身高相对较矮。
2.营养不足：宝宝在生长发育过程中，如果营养摄入不足，可能会影响身高增长。家长可以关注宝宝是否存在挑食、偏食等情况，保证宝宝摄入足够的蛋白质、维生素、矿物质等营养物质。
3.疾病因素：一些疾病可能会影响宝宝的身高发育，如生长激素缺乏症、甲状腺功能减退症等。如果家长怀疑宝宝有疾病因素影响身高，可以带宝宝到医院进行相关检查，如生长激素激发试验、甲状腺功能检查等。
4.运动不足：适当的运动可以促进宝宝的骨骼发育，家长可以带宝宝进行适量的运动，如户外活动、游泳等。
5.睡眠不足：宝宝的生长激素分泌在夜间较为旺盛，如果睡眠不足，可能会影响生长激素的分泌，进而影响身高发育。家长应保证宝宝每天有足够的睡眠时间。
针对宝宝身高较矮的情况，家长可以采取以下措施：
1.定期带宝宝到医院进行体检，了解宝宝的生长发育情况。
2.注意宝宝的饮食均衡，保证营养摄入充足。
3.鼓励宝宝进行适量的运动，如户外活动、游泳等。
4.保证宝宝有足够的睡眠时间，让宝宝养成良好的睡眠习惯。
5.如果家长对宝宝的身高发育仍有疑虑，可以咨询医生的意见，进行进一步的检查和评估。
需要注意的是，每个宝宝的生长发育情况都不同，如果家长对宝宝的身高发育情况有任何疑问或担忧，建议及时咨询医生，以便获得更专业的建议和指导。