新生儿吞咽能力差主要有以下原因：一是吞咽功能减退，像早产或极低体重出生儿，因长期胃管喂养致吞咽功能未得到锻炼而减退，从而出现吞咽困难；二是先天发育异常，例如肺功能发育不良、先天性肺发育障碍、先天性气管食管瘘、腭裂等存在发育异常问题，会影响正常吞咽；三是大脑损伤，如出生时缺氧、缺血性脑病、脑损伤、颅内感染、颅内出血等，使吞咽功能受障；四是存在扁桃体炎，会有吞咽能力差及声音沙哑现象；五是存在咽喉肿瘤，因吞咽时有堵塞感而不愿做吞咽动作，进而影响吞咽；六是存在咽部协调障碍，导致喉部神经、肌肉不协调而致吞咽功能受损；七是有先天性喉裂、喉软骨软化病、食管裂孔疝等疾病也会使新生儿吞咽能力差。
一、吞咽功能减退：
早产或极低体重出生儿，因为长期依靠胃管喂养，所以他们的吞咽功能没有机会得到充分的锻炼，进而逐渐减退，最终导致在实际吞咽时出现困难的情况。
二、先天发育异常：
1.肺功能发育不良、先天性肺发育障碍：这些先天的发育问题使得呼吸系统不能正常工作，从而间接影响到吞咽功能。
2.先天性气管食管瘘：这种异常使得气管和食管之间存在不正常的通道，严重干扰正常的吞咽过程。
3.腭裂：口腔结构的不完整，对吞咽动作的完成造成了极大阻碍。
三、大脑损伤：
(1)出生时缺氧：出生时的缺氧状况对大脑造成损害，影响到吞咽功能的控制。
(2)缺血性脑病、脑损伤：这些脑部的病变导致吞咽功能的控制机制出现问题。
(3)颅内感染、颅内出血：感染或出血对大脑产生不良影响，进而使吞咽功能受到障碍。
四、扁桃体炎：
扁桃体发炎后，新生儿在吞咽时会感到不适，导致吞咽能力变差，同时可能伴有声音沙哑的表现。
五、咽喉肿瘤：
肿瘤的存在会在吞咽过程中产生堵塞感，这使得新生儿不愿意进行吞咽动作，长此以往吞咽能力受到明显影响。
六、咽部协调障碍：
喉部神经和肌肉的不协调会使得吞咽动作不能顺利完成，导致吞咽功能受损。
七、其他疾病：
如先天性喉裂、喉软骨软化病、食管裂孔疝等疾病都会对新生儿的吞咽能力产生不良影响。
总之，当发现新生儿吞咽能力差时，家长应尽快带其就医，明确具体原因后进行针对性治疗，以免因吞咽问题而影响新生儿的正常生长发育。