眼睛内斜视的引起原因有多种。一般来说，先天性因素是其中一个重要方面，比如胎儿在发育过程中眼部肌肉或神经等结构出现异常，大约有15%左右的内斜视患儿是由于先天性因素导致的眼外肌发育不全等问题引发内斜视。
神经肌肉因素
神经支配异常： 眼部的神经支配出现问题也可能引起内斜视。例如，支配眼球运动的动眼神经、滑车神经或外展神经等出现病变，会影响眼球的正常运动协调，从而导致内斜视。像一些颅内病变可能会波及到这些神经，进而引发内斜视情况。肌肉力量不平衡： 眼球的运动是由多条眼外肌协同作用来完成的，如果某条眼外肌的力量过强或过弱，就会打破肌肉之间的平衡，导致眼球位置异常，出现内斜视。比如内直肌过于紧张或外直肌力量不足，都可能使眼球向内侧偏移，形成内斜视。
屈光不正因素
远视眼引发： 远视眼患者如果没有及时矫正视力，为了看清物体，眼睛会过度使用调节功能，同时伴随过多的集合动作，长期这样就容易引发内斜视。有数据显示，大约有40%的内斜视患儿是因为远视眼未矫正导致的，特别是在儿童时期，远视度数较高时更易出现这种情况。当远视患儿的远视度数超过+2.00D - +2.50D时，内斜视的发生风险会明显增加。近视影响相对较小： 单纯的近视一般不是内斜视的主要诱发因素，但如果近视患者同时存在其他眼部调节等问题，也可能间接影响眼球的位置协调。不过相比远视眼，近视引发内斜视的概率要低很多。
外伤或疾病因素
眼部外伤： 眼部受到外伤，比如头部受到撞击、眼部直接受伤等，可能会损伤到眼外肌或相关神经，从而导致内斜视。例如眼部的顿挫伤可能会引起眼外肌的撕裂或出血，影响眼球的正常运动，进而出现内斜视症状。全身性疾病： 某些全身性疾病也可能与内斜视的发生有关。比如脑部肿瘤、甲状腺相关眼病等。脑部肿瘤可能会压迫到支配眼球运动的神经，导致内斜视；甲状腺相关眼病患者由于眼外肌受累，也可能出现眼球位置异常，引发内斜视。像甲状腺相关眼病患者中，约有10% - 20%会出现不同程度的内斜视情况。