巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。一般来说，巧克力囊肿常见的症状有以下这些。
月经异常方面
经量增多： 部分患者会出现月经量比以往明显增多的情况，有的可能会超出正常月经量的1/3左右。比如原本月经3天左右结束，月经量适中，患病后可能5天仍未干净，且量较多。经期延长： 正常经期一般是3 - 7天，而患有巧克力囊肿的女性，经期可能会延长到8天甚至更久。
盆腔疼痛方面
痛经： 这是比较典型的症状之一，多为继发性痛经，且呈进行性加重。也就是说，一开始可能痛经不明显，但随着病情发展，每次月经来临时痛经会越来越严重。有的患者从月经前1 - 2天就开始出现腹痛，一直持续到整个经期结束。性交疼痛： 在性生活过程中会感到疼痛，尤其是当涉及到子宫颈受到碰撞等情况时，疼痛可能会比较明显。
其他方面
不孕： 大约有30% - 50%的巧克力囊肿患者会伴有不孕的情况。这是因为囊肿可能会影响卵巢的正常排卵功能，或者干扰输卵管的拾卵和运输受精卵的功能等。腹部不适： 有的患者会感觉下腹部有坠胀感或者隐隐的疼痛，尤其是在进行剧烈活动后，这种不适感可能会加重。而且随着囊肿的增大，还可能在腹部摸到肿块等。