3岁宝宝发烧39度的处理要依据宝宝精神状态与高温持续时间来决定。具体如下：
一、如果宝宝发烧39度但精神状态佳，无不良表现且不影响日常，可不做特别处理，持续观察并多让其饮水即可。
二、要是宝宝发烧39度且精神状态差，伴有咳嗽、腹痛等症状，就需要及时进行退热处理，可采用这些方式：
1.药物治疗：可遵医嘱口服布洛芬片、对乙酰氨基酚片等退烧药，其退烧效果良好，能避免高热惊厥的发生。同时应尽快前往医院进行相关检查，以明确发热病因，从而针对病因开展下一步治疗。
2.物理降温：服用退烧药后，可通过温水擦拭身体、调整环境温度等物理降温手段来帮助降低体温，能有效缓解宝宝过度发热情况。此外，宝宝发烧39度可能会出汗致衣服潮湿，此时给宝宝换上干燥衣服有助于散热。
总之，3岁宝宝发烧39度时要根据具体情况选择合适的处理方法，密切关注宝宝状态，以保障宝宝健康。