三个月宝宝睡觉摇头，可能与以下原因有关：
1.正常生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完善，摇头可能是一种自我安抚的行为。此外，宝宝的神经系统还在发育中，可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。这种情况通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，可能会因为瘙痒而摇头。湿疹会导致皮肤发红、瘙痒，宝宝会通过摇头来缓解不适。
3.缺钙：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗，宝宝出汗后头部会觉得不舒服，也会出现摇头的情况。
4.外耳道炎或中耳炎：如果宝宝的外耳道有耵聍（耳屎），或者患有中耳炎，可能会因为耳部不适而摇头。
5.皮肤过敏：宝宝对床上用品、衣物或空气中的某些物质过敏，也可能导致头部瘙痒，从而出现摇头的现象。
6.头皮感染：如果宝宝的头皮有感染，如脓疱疮等，也会引起瘙痒和疼痛，导致宝宝摇头。
7.其他：宝宝过热、过冷、睡眠环境不舒适等，也可能导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，家长可以先观察。如果宝宝摇头频繁，或者伴有其他症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、多汗等，建议及时带宝宝就医，进行相关检查，以确定具体原因。
在就医时，医生可能会进行以下检查和诊断：
1.体格检查：医生会检查宝宝的头部、皮肤、神经系统等，以排除其他可能的原因。
2.实验室检查：如果需要，医生可能会建议进行一些实验室检查，如血钙、维生素D水平测定、血常规等，以确定宝宝是否缺钙或存在其他营养缺乏。
3.耳部检查：医生会检查宝宝的耳部，以排除中耳炎等耳部疾病。
4.过敏测试：如果怀疑宝宝对某些物质过敏，医生可能会进行过敏测试。
根据具体原因，医生会给予相应的治疗。如果是湿疹引起的，医生可能会开一些湿疹药膏；如果是缺钙，需要补充维生素D和钙剂；如果是感染，需要进行抗感染治疗；如果是过敏，需要避免接触过敏原，并使用抗过敏药物。
此外，家长还可以采取以下措施来缓解宝宝睡觉摇头的情况：
1.保持宝宝头部清洁：经常给宝宝洗头，避免过多的汗液和皮脂积聚。
2.选择合适的衣物和床上用品：避免给宝宝穿得过厚或过紧，选择柔软、透气的衣物和床上用品。
3.调整睡眠环境：保持宝宝的睡眠环境舒适，温度适宜，避免过度嘈杂。
4.给予适当的安抚：宝宝睡觉摇头时，可以轻轻抚摸宝宝的头部或背部，给予适当的安抚。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题有任何疑虑，最好咨询医生的意见。